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首先，宮古島是由珊瑚礁隆起而形成的島嶼。珊瑚礁經過長時間的隆起，造就了現在的宮古島地形。這種自然現象與其他許多島嶼或沿海地區不同，相當獨特。由珊瑚礁隆起而成的地質稱為琉球石灰岩，這種石灰岩具有高度的透水性。結果是降下的雨水容易滲入地底，不易直接流入海中，因此土砂與泥濘較不容易進入海洋，使得海水不易混濁。
此外，由於宮古島上沒有大型河川，因此不像其他地區那樣有河流將土砂與有機物沖入海中，這也是海水長期保持清澈的另一個原因。
再者，包圍島嶼的廣大珊瑚礁，猶如天然的濾網，吸附了海水中的微細有機物與雜質，進一步提升了海水的透明度。這些珊瑚礁也證明了這座島嶼曾經沈沒於海中，而如今隆起的珊瑚礁仍扮演著維護海洋美麗的重要角色。
正因為這些地形與地質因素的結合，使得宮古島的海水比起其他地區更為清澈。雖然經常與石垣島相提並論，但宮古島獨特的自然條件，讓其海洋特別透亮且美麗。若與國外的渡假地相比，宮古島的海水透明度可說與大堡礁相媲美也不為過。
這樣的高透明度，提供了浮潛與潛水的絕佳環境，吸引著無數旅人。生活在珊瑚礁周邊、色彩繽紛的熱帶魚群，在清澈的海中觀察起來更為有趣。
由此可見，宮古島的海水之所以清澈透明，是因為其獨特的地形與自然環境所賦予，也正因如此，讓宮古島成為極具魅力的渡假勝地。