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宮古蕎麥麵看似與沖繩本島的沖繩蕎麥麵相似，實則具有不同的特色。其中最大的差異是，配料是放在麵條下方。因此，僅從外觀就能區分宮古蕎麥麵與沖繩蕎麥麵。傳統上，宮古蕎麥麵的元祖風格，就是配料不放在麵上的形式。
宮古蕎麥麵的特色在於清爽的高湯味與寬厚的平麵條。湯頭以柴魚為主流，配料則是豬三層肉與宮古島特產的波浪狀魚板，會切得薄薄地鋪在麵條底下。最後只在麵上放上蔥花作為點綴，看起來就像是一碗清湯蕎麥麵，這就是傳統的宮古蕎麥麵完成型。
宮古蕎麥麵與沖繩蕎麥麵各有其獨特魅力與歷史，從湯頭濃淡、配料種類到配料的擺放方式等，都有細膩的差異。宮古蕎麥麵是宮古島在地人熟悉且喜愛的鄉土料理，只有在宮古島誕生的蕎麥麵才會被稱作「宮古蕎麥麵」。